Analyse Du Chromosome Des Archaea Hyperthermophiles Par Electrophorèse En Champ Pulsé (PFGE)
Purificación LOPEZ GARCIA
Institut de Génétique et Microbiologie, BMGE, Bat 409, Université Paris-Sud
91405, ORSAY Cedex.
L'étude de l'organisation génomique des organismes comporte d'abord la connaissance
des types de replicons qui composent le génome (chromosomes et/ou plasmides), leur topologie
(circulaires ou linéaires) ainsi que leur taille. À l'heure actuelle, grâce à la capacité de résolution
de larges molécules ou fragments d'ADN par électrophorèse en champ pulsé (PFGE), l'analyse
de macrorestriction des génomes constitue la forme la plus puissante pour aborder l'étude de
l'organisation génomique globale. Également, l'analyse comparative de macrorestriction a des
applications très utiles pour la taxonomie de souches relativement proches. Peu d'études de ce
type ont été réalisées chez les Archaea, en général, et chez les archaea hyperthermophiles en
particulier. Seules deux cartes physiques de chromosomes d'hyperthermophiles ont été
publiées, et dans les deux cas, les chromosomes sont circulaires et relativement petits (moins de
2,8 megabases).
Dans notre laboratoire, nous avons commencé l'analyse du génome de plusieurs
souches d'archaea hyperthermophiles qui portent des petits plasmides et appartiennent aux
ordres soit des Sulfolobales soit des Thermococcales, ainsi que celle du génome de Picrophilus
oshimae (ordre des Thermoplasmales), un thermophile hyperacidophile (pH optimale 0,7).
Cette analyse nous a permis d'estimer la taille des chromosomes de Sulfolobus islandicus
REN1 H1 (2,9 Mb), de Pyrococcus abyssi et de la souche proche GE23 (1,8 Mb) et de P.
oshimae (1,6 Mb). La comparaison des profils de restriction NotI, SpeI et SwaI de sept
souches de Thermococcales a conduit à leur classification dans deux groupes d'affinité qui
coïncident avec les genres Pyrococcus et Thermococcus, ce qui montre l'utilité de cette
technique pour la taxonomie de ces souches.