BLASTN 2.2.3 [May-13-2002]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= FJ0AC15ZD05FM1.SCF screened BAC_end
(963 letters)
Database: Klactis 3X assemblage 11/02
1807 sequences; 10,358,551 total letters
Searching....done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
3x_Contig1806 1620 0.0
3x_Contig1745 1183 0.0
3x_Contig883 894 0.0
>3x_Contig1806
Length = 53694
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Identities = 839/847 (99%)
Strand = Plus / Minus
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Query: 866 tttacgtttcatgccgtagatcctgcatgcatnctcatataatcatttgacacagaagac 925
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Sbjct: 46501 tttacgttcaatgccgtagatcctgcatgcatcctcatataatcatttgacacagaagac 46442
Query: 926 gattaca 932
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Sbjct: 46441 gaataca 46435
>3x_Contig1745
Length = 19830
Score = 1183 bits (597), Expect = 0.0
Identities = 728/772 (94%)
Strand = Plus / Plus
Query: 86 cccaatctaccaagttctctgatttcattaaaacttccggtaatcgtcatagattgtgga 145
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Sbjct: 4595 ttttgatctggactgcaattttcacacaactttccggaaacggtttagtgtcttactatc 4654
Query: 206 tatcaaaagtcttcaactccattggtataactgatcctgatgatcaattgaaatggaatg 265
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Sbjct: 4655 tatcaaaagtcttcaactctattggtataactgatcctgatgatcaattgaaatggaatg 4714
Query: 266 gttggttaatgctttacaactggttatgttcactaattttaataggttacatcgccccat 325
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Sbjct: 4715 gttggctaatgctttacaactggttatgttcactaattttaataggttacatcgccccat 4774
Query: 326 tcttcaaaagaagacaattattcttgatatccttagtttcaatgacttcttgttacgttg 385
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Sbjct: 4775 tcttcaaaagaagacagttatttttgatatctttagtttccatgacttcttgctacgttg 4834
Query: 386 tgtggacagcattgtctgcagaaaaccaaaagcgtaattttgaggataagactctagcaa 445
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Sbjct: 4835 tttggacagcattgtctgcagaaaaccaaaagcgcaatttcgaggataagtctctagcaa 4894
Query: 446 atggagtcttggcaatgatcttcttatattatctttcttacaacttcgggttcaacggtt 505
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Sbjct: 4895 atggtgtcttggcaatgatcttcttatattatctttcttacaacttcggattcaacggtt 4954
Query: 506 tcccaaatctttacacaactgaaatattaccttacactttgagaggtaaagggcttacaa 565
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Sbjct: 4955 tcccaaatctttacacaactgaaatattaccttatactttgagaggtaaagggcttacaa 5014
Query: 566 ttttccagttagccattagtatttcagttatattcaatgggtttgtcaatccaattgcaa 625
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Sbjct: 5015 ttttccagttggccattagcatttcagttatattcaatgggtttgtcaatccagttgcaa 5074
Query: 626 tggatgctattgaatggaaatactacatcttntattgctgcttcttatctgttgagattg 685
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Sbjct: 5075 tggatgctattgaatggaaatactacatcttttattgttgtttcttagctgttgagatcg 5134
Query: 686 ttgtttgttatttcactttcgttgaaacttcaggaagatctttggaagaagttgatgagg 745
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Query: 746 tatttggagatcgtatcattcaacttccagaaatgacatcccaaattatgctagaagatg 805
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Sbjct: 5195 tgtttggagacggtatcacccaacttccagaagtaacatcccagattatgctagaagctg 5254
Query: 806 gtaagcgattgtctgttgagcatgtagaaagaacagtcacttcatcctgata 857
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Sbjct: 5255 gtaagaggttgtctgttgaacatgtagaaagaacagacacgtcatcctgata 5306
>3x_Contig883
Length = 3346
Score = 894 bits (451), Expect = 0.0
Identities = 675/750 (90%)
Strand = Plus / Plus
Query: 92 ctaccaagttctctgatttcattaaaacttccggtaatcgtcatagattgtggattttga 151
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Sbjct: 343 ctaccaacttctctgatttctttaaaacctccggtaatcgccatagattgtggattttga 402
Query: 152 tctggactgcaattttcacacaactttccggaaatggattagtgtcttactatttatcaa 211
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Sbjct: 403 tctggactgcaattttcacacaactttccggaaatggattggtgtcttactatctatcca 462
Query: 212 aagtcttcaactccattggtataactgatcctgatgatcaattgaaatggaatggttggt 271
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Sbjct: 463 aagtcttcaattcgattggtattacagatcctgatgagcaattagagtggaatggttggt 522
Query: 272 taatgctttacaactggttatgttcactaattttaataggttacatcgccccattcttca 331
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Sbjct: 523 taatgctttacaactggttatgttcattaattttgatgagttacatcgccccattcttca 582
Query: 332 aaagaagacaattattcttgatatccttagtttcaatgacttcttgttacgttgtgtgga 391
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Sbjct: 583 aaagaaggcaattatttttgatatccttgacttcaatggcctgttgctacattgtctgga 642
Query: 392 cagcattgtctgcagaaaaccaaaagcgtaattttgaggataagactctagcaaatggag 451
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Query: 452 tcttggcaatgatcttcttatattatctttcttacaacttcgggttcaacggtttcccaa 511
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Sbjct: 703 tcttggcaatgatcttcttatattatctttcttacaactttggattcaacggttacccat 762
Query: 512 atctttacacaactgaaatattaccttacactttgagaggtaaagggcttacaattttcc 571
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Sbjct: 763 tcctctacacaactgaaattttaccttacactttgagaggtaaagggcttacaattttcc 822
Query: 572 agttagccattagtatttcagttatattcaatgggtttgtcaatccaattgcaatggatg 631
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Sbjct: 823 agttggccattagtcttgcagttattttcaacgggtttgttaactcaattgcaatggatg 882
Query: 632 ctattgaatggaaatactacatcttntattgctgcttcttatctgttgagattgttgttt 691
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Sbjct: 883 ctattgaatggaaatactacatcttttattgttgtttcttagccgttgagattgttgtct 942
Query: 692 gttatttcactttcgttgaaacttcaggaagatctttggaagaagttgatgaggtatttg 751
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Sbjct: 943 gttatttcactttcgttgaaacttctggaagatctttggaagaagttgacgaggtgtttg 1002
Query: 752 gagatcgtatcattcaacttccagaaatgacatcccaaattatgctagaagatggtaagc 811
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Sbjct: 1003 gagatggtatcactcaactcccagaagtgacatcccaggttatgttagaagatggtaaga 1062
Query: 812 gattgtctgttgagcatgtagaaagaacag 841
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Sbjct: 1063 ggttatctgttgaacatctagaaagaacag 1092
Database: Klactis 3X assemblage 11/02
Posted date: Nov 27, 2002 12:23 PM
Number of letters in database: 10,358,551
Number of sequences in database: 1807
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 7776
Number of Sequences: 1807
Number of extensions: 7776
Number of successful extensions: 50
Number of sequences better than 1.0e-20: 3
length of query: 963
length of database: 10,358,551
effective HSP length: 16
effective length of query: 947
effective length of database: 10,329,639
effective search space: 9782168133
effective search space used: 9782168133
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 51 (101.6 bits)