BLASTN 2.2.3 [May-13-2002]
Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= FJ0AC33ZB02RM1.SCF screened BAC_end
(956 letters)
Database: Klactis 3X assemblage 11/02
1807 sequences; 10,358,551 total letters
Searching....done
Score E
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>3x_Contig1773
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Strand = Plus / Plus
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Query: 769 aattccactagctataccatt 789
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>3x_Contig1213
Length = 3226
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Identities = 717/741 (96%), Gaps = 16/741 (2%)
Strand = Plus / Minus
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Sbjct: 1054 gaggttcaacaaccagtatttcttggttatgatcccacagcctctgtttgagcaattatc 995
Query: 289 ttcgcgtgataacatttatcggaggaagtagatcttttgagaaaaaggcttggcacctac 348
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Query: 409 ccctggcacgaatgtgtaccggtgtcaggtatcaaacactaaacactcattcgtatctac 468
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Query: 469 caaatatataaaataggtgttgtttactggatctgtcgtaatatctttagctgtatattc 528
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Sbjct: 754 acttagtattttttgatgatcggtttatatattatcatttagacttcgctcagtatagat 695
Query: 589 aatctaataccgccgccatgtacattangcttggtttatttttggagggttttattgtcc 648
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Query: 649 tttntcgctacttnntctccggctgcagcccgctccgctttgcctgatgcanactccact 708
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Query: 769 aattccactagctataccatt 789
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>3x_Contig1790
Length = 27369
Score = 1164 bits (587), Expect = 0.0
Identities = 713/741 (96%), Gaps = 16/741 (2%)
Strand = Plus / Plus
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Query: 109 gcctttaacaataaatcctgattatgcactgcttttcattccgtattaggtataatgatt 168
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Query: 169 tcgggtgttttgggattttcactgatcatagctcttagacttaatattttcgattgcctt 228
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Sbjct: 4320 caaagatataaaataggtgttgtttactggatctgtcgtaatatctttagctgtatattc 4379
Query: 529 acttagtattttttgatgatcggtttatatattgtcatttagacttcgctcagtatagat 588
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>3x_Contig1805
Length = 19369
Score = 1156 bits (583), Expect = 0.0
Identities = 712/741 (96%), Gaps = 16/741 (2%)
Strand = Plus / Minus
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Query: 229 gaggttcaacaaccagtatttcttggttatgatcccacagcctctgtttgagcaattatc 288
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Query: 409 ccctggcacgaatgtgtaccggtgtcaggtatcaaacactaaacactcattcgtatctac 468
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Sbjct: 17503 acttagtattttttgatgatcggtttatatattatcatttagacttcgctcagtatagat 17444
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Sbjct: 17334 cgctgtcaac-tcacttgaa--ttcgatatggtttccaattccac-ttcag-tttgtttc 17280
Query: 769 aattccactagctataccatt 789
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Sbjct: 17279 aattccactaactatgccatt 17259
>3x_Contig1124
Length = 2635
Score = 1068 bits (539), Expect = 0.0
Identities = 551/555 (99%)
Strand = Plus / Plus
Query: 49 gtttttaggcactgcgaacttgtcgctgagcataattcaacttaatccatgttttctgga 108
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Sbjct: 2081 gtttttaggcactgcgaacttgtcgctgagcataattcaacttaatccatgttttctgga 2140
Query: 109 gcctttaacaataaatcctgattatgcactgcttttcattccgtattaggtataatgatt 168
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Query: 169 tcgggtgttttgggattttcactgatcatagctcttagacttaatattttcgattgcctt 228
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Sbjct: 2201 tcgggtgttttgggattttcactgatcatagctcttagacttaatattttcgattgcctt 2260
Query: 229 gaggttcaacaaccagtatttcttggttatgatcccacagcctctgtttgagcaattatc 288
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Sbjct: 2261 gaggttcaacaaccagtatttcttggttatgatcccacagcctctgtttgagcaattatc 2320
Query: 289 ttcgcgtgataacatttatcggaggaagtagatcttttgagaaaaaggcttggcacctac 348
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Sbjct: 2321 ttcgcgtgataacatgtatcggaggaagtagatcttttgagaaaaaggcttggcacctac 2380
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Sbjct: 2381 gctacctgatatacacaaacagtaagcgatgatgacacgtagcagttcctttaatgtggt 2440
Query: 409 ccctggcacgaatgtgtaccggtgtcaggtatcaaacactaaacactcattcgtatctac 468
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Sbjct: 2441 ccctggcacgaatgtgtaccggtgtcaggtatcaaacactaaacactcattcgtatttac 2500
Query: 469 caaatatataaaataggtgttgtttactggatctgtcgtaatatctttagctgtatattc 528
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Sbjct: 2501 caaagatataaaataggtgttgtttactggatctgtcgtaatatctttagctgtatattc 2560
Query: 529 acttagtattttttgatgatcggtttatatattgtcatttagacttcgctcagtatagat 588
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Sbjct: 2561 acttagtattttttgatgatcggtttatatattatcatttagacttcgctcagtatagat 2620
Query: 589 aatctaataccgccg 603
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Sbjct: 2621 aatctaataccgccg 2635
Database: Klactis 3X assemblage 11/02
Posted date: Nov 27, 2002 12:23 PM
Number of letters in database: 10,358,551
Number of sequences in database: 1807
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 6162
Number of Sequences: 1807
Number of extensions: 6162
Number of successful extensions: 56
Number of sequences better than 1.0e-20: 5
length of query: 956
length of database: 10,358,551
effective HSP length: 16
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effective search space used: 9709860660
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 51 (101.6 bits)