Kluyveromyces lactis : Mitochondrial tRNAs Page

tRNAscan-SE v.1.23 (April 2002) - scan sequences for transfer RNAs Please cite: Lowe, T.M. & Eddy, S.R. (1997) "tRNAscan-SE: A program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence" Nucl. Acids Res. 25: 955-964. ------------------------------------------------------------ Sequence file(s) to search: K. lactis mitochondrial DNA Search Mode: Organellar Results written to: Standard output Output format: Tabular Searching with: Cove only Covariance model: TRNA2.cm tRNA Cove cutoff score: 15 Alternate transl code used: from file gcode.ystmito Pseudogene checking disabled ------------------------------------------------------------ Predicted Folds : intron -less putative tRNA secondary structures predictions using mfold (version 3.1) by Zuker and Turner The 3 best structures are given for each tRNA candidate ------------------------------------------------------------ Sequence tRNA Bounds tRNA Anti Intron Bounds Cove Name tRNA # Begin End Type Codon Begin End Score Sequence -------- ------ ---- ------ ---- ----- ----- ---- ------ ------ tRNA1 1 2056 2217 Met TAT 2094 2163 16.32 ATATATATAAGTAATTAATTAATATTATAATATTTATATTATTATTAATATATAAGATATATATTATTTTTTTTTAATAATATATATAATAAAATATATTTATTATAAATATTATAGTATATTTTACATATATTATTTTATAATATATTTATAATAAATATT tRNA2 2 22025 22274 Met TAT 22056 22240 18.48 ATTATAATAATATAATTATGTATAATTTATATATATTATTTATATGAATATCCCCGCGAAATTATTTATAATTTCGCGGGAGATAAATAAATATTTTATAAATATAATATTATTGTATTATATATATAATAATATATATATAATAATTATTATAATAATATAATAAATATATTATTATCAAGTAATTTGATACATATATAATATATATGTATATTGATTATTATTTTATAATTATATATTACTTCTAATA tRNA3 3 26976 27212 Gln TTG 27013 27171 19.42 ATATGTATAATTATAATTTTGAAATAAATAATCTTGATACATATAATCTTAAAATTTGTGGTAAGAAGTATTGTGCAAATAATACTAATAAAATAGTAACTAATGCAAAACCATATACTAATTGATTTAAGAAATAAAATGGTACTAATTGTGGCATATTTATTTTTATATTAAATTATAATTTACTATTAATATTATTATTAATATTAATATAATTATATAAAATTATTATATATT tRNA4 4 28402 28585 Sup TTA 28436 28552 16.98 ATTAAGATAGTGAATTTACTACATGACACTTTAAATATTTATTTTTTTTCATTTAATATATTCAATATATTTATAACCTTGTAAATTATATTTATTAAAAAATTTAATAAATATATTAATATAATATTTATTATATACCTCTAAAATATATATATTATTTTTATATATTAATTTATTCTTAATA tRNA5 5 28869 29116 Lys TTT 28907 29081 18.77 TTAAATATAAATTTATTGCTAAATTTCTATTATTTTTATAAATATAATATATAGATTTTATAAATGCTAATTGTAATTTTTTATTTATAGTTATTAATGGATATTTATTAAATAATTTAATTAAATTATTAATATTTTTTATATCATTTATAATTCATATTACATAATTATTATTAATATTAATATTACCTTTTAAATAATGTTTAATATTATTTAATATATTAATATTCTCTTTATTATTATTTAAT tRNA6 6 30272 30452 Leu CAA 30310 30408 17.60 TTATATTTATCATATTTTTGTAATAATTTATATTCAAATTTATATTTTATAGATGGAATAATATAATTTTTAATATTAGGATATAATAATTTAATAGATTTAACTTTAATATAAATAACATAATATGATTTATGTTTATGTAAAGTACAATCTAAATTAAATTTAATTTTTAAAATATTAA tRNA7 7 32155 32399 Undet ??? 0 0 15.06 AATAATTTATTACATGAATAAATTTATCTAAACTATTAGATTTATCAGATAATAAAGGATATTCTTTAAAATAATTTAAAATAAAAATACAATTATTTAATCCTGAAATTCATAATTGTCAATTATCATCTTTAGAATTAGAATAAACTTTACCAATATTTTTTTCACTATTAATGTTATATAATGAATTAGTATTAGATTTATCAATAAATAAATTTAAAATATGTTCTAATACATATTTATTA tRNA8 8 37297 37528 Met TAT 37335 37490 17.68 AATAAATTAATTAATTTACTATTAATATTAAATTTATAATTACTATAAATATTATTAATTAAATTATTGTTATTATTAATATTTTTATTAATATTTTTATATGATAAATAATAGAAAAATTTAATATTAACTTTATTAATACTATGTTCAAAGATAGGTTTAGAAATAATTAATTTATAAATTTTATTATTAATATTTAATACTAATAATTTTGTTAATAATTTAGTTACTA tRNA9 9 37939 37704 Met TAT 37907 37744 16.90 TATAAAATATATAATAAATATTTTATTTTATATTTATAAGTAGTAAATATAATAAACATGTTAAATTTTTTAATAATTTAATAATAATATATATATAGTTTTATATATATATATTATACGATCAATATATATAAATAAATATAAATACAATGAATAAACATACAACAAATTTAAATATTATTAAAAATATTAATAATATAAACAATTTAAATTCTATAAAAGAATTATTATTATTA tRNA10 10 37494 37264 Sup CTA 37455 37296 21.02 AAATATTAATAATAAAATTTATAAATTAATTATTTCTAAACCTATCTTTGAACATAGTATTAATAAAGTTAATATTAAATTTTTCTATTATTTATCATATAAAAATATTAATAAAAATATTAATAATAACAATAATTTAATTAATAATATTTATAGTAATTATAAATTTAATATTAATAGTAAATTAATTAATTTATTAAATAATAACATTAATAGTATTAGTAATATTTT tRNA11 11 37291 37047 Met TAT 37254 37083 15.36 ATAACATTAATAGTATTAGTAATATTTTATCATTATATTATAATAAAGATGTATCATTTGAACCTATTCAATTAAAATATAATTATATGAATAGTGATATTTTAGCTAAATCATTAAAAATTATGAATTCATCTTCTAAAAGAAGTTTATCAATGAATAGAATTAAAAATTTAATGAATAATATGCCTAAATTAAATGATAAATTAATTAGTCAAACATATATTAATAATATTAATAATATTATG tRNA12 12 35975 35904 Val TAC 0 0 63.96 TAGAGATTAGCTTAATTGGCAGAGCATTCGTTTTACACGCGAAGGACATGAGTTCAAATCTCGTATCTCTAA tRNA13 13 29192 28991 Ile AAT 29156 29029 18.97 GATTATTTGATAGTAATGGTAATATTCAAATTAATAAATATAAATCTAAATATTTACAATTTAGATTAATTATTAAATTAAATAATAATAAAGAGAATATTAATATATTAAATAATATTAAACATTATTTAAAAGGTAATATTAATATTAATAATAATTATGTAATATGAATTATAAATGATATAAAAAATATTAATAATTT tRNA14 14 28837 28627 Phe AAA 28802 28665 17.94 ATATAAATATTATAAAGATATAAATTATACTAAAATTAATTATTTTTCCCCCGCGAACTTCCATAAAAAGTTCGCGGGAATTAATATTAATATTAATATTAATAATAATTATAATCATAATTATATTAATGTATGATTTTTAGGTTTTATTGAAAATAAAGGTAAATTTATTATTAGAAAGAATAATAATAATTCATTTTTATTTTATATA tRNA15 15 28732 28483 Thr TAG 28693 28515 18.53 TAATTATAATCATAATTATATTAATGTATGATTTTTAGGTTTTATTGAAAATAAAGGTAAATTTATTATTAGAAAGAATAATAATAATTCATTTTTATTTTATATAAATGATAAACATTTAATAGAATTCTTAAAAAATTATTTTAATATTAAGAATAAATTAATATATAAAAATAATATATATATTTTAGAGGTATATAATAAATATTATATTAATATATTTATTAAATTTTTTAATAAATATAATTTA tRNA16 16 25465 25321 Met TAT 25428 25360 15.68 TATATTATAAGTCATTTGTGAGACTATATATATTATATATATTATACATATAAATATTGTATTTATAATTCTAATAAAGTAGGTGATAACATATATAATTATTATTATTATTATTTATATATTATTTATTATATAATTTATATAT tRNA17 17 23915 23694 Asn ATT 23882 23731 15.55 ATATAATTATATAATTATATATTATATATATTATAAAAAATAAATATATAATATATATAAAAGATATATATATATATATATATATCCCGCCATTAGTCTTAAGACTAATGGCGGGAATTTTATATTTAATTATATTCAACTCTGCAAATGCAATATCATTCATAGGAATTTAATATATAAATATTTATATATTTAAATAAATATTATAATTATTATTATATA tRNA18 18 22512 22440 Thr TGT 0 0 71.81 GTTATATTAGCTCAATTGGTAGAGCGTTCGTTTTGTAATCGAAAGGTTTGGAGTTCGAATCTCTAATATAACA tRNA19 19 22439 22368 Glu TTC 0 0 50.70 GACCTTATCGTCTAATGGTTACGACATCATCTCTTCATGTTGAAAATATCGGTTCAATTCCGATTAAGGTTA tRNA20 20 15659 15589 Trp TCA 0 0 63.66 GAGGATATAGTTTAATGGTAAAACTATTGATTTCAAATCAATCATTAGGAGTTCAAGTCTCTTTGTCCTTG tRNA21 21 14762 14690 Cys GCA 0 0 44.36 GGAAATGTTGTTTAAAGGTTAAACTGTTAGATTGCAAATCTACACATTTAGAGTTCGATTCTCTTCATTTCTT tRNA22 22 14616 14545 Met CAT 0 0 62.11 AGCAATATAATGTAATTGGTAACATATTAGGCTCATGACCTAAACATATACGTTCAACTCGTATTATTGCTA tRNA23 23 14355 14284 Pro TGG 0 0 46.00 CAGATAGAGGCCGAAGGGTTAGGCGCTTTCTTTGGGAGAAAGAGTTAGTTAGTTCGAATCTATCCTATCTGA tRNA24 24 10557 10308 Leu TAA 10519 10342 17.34 CTTTATATAATATATTTAATAGATATAATATTCTTAAATATTATTATATATATATATTATACTTTTTTATAATATATATATATAATTAAAGAAACAATCTCTAATTGGTAGTTTTGATGGGGCGTCATTTTCAGCAAAAGTATCTGAATAAGTCCATATATATTTTATAATATTATTTTAGTAAAATTATAAATTATATATAATAATTATAAATATCCATATTTATATTATTTTATTTATAATATAAATA tRNA25 25 8314 8243 Phe GAA 0 0 65.09 GCCTTTATAGCTTAGTGGTAAAGCAATAAATTGAAGATTTATGTACATGTAGTTCGATTCTCATTAAAGGCA tRNA26 26 8237 8156 Leu TAA 0 0 52.41 GCTACTTTGGTGGAAATGGTAGACACGACACTCTTAAGATGTGTTATCGCAAGATATGAAGGTTCAAATCCTTTAAGTAGTA tRNA27 27 8140 8068 Gln TTG 0 0 53.18 TGAATCGTAGACTAATAGGTAAGTCACCAAAATTTGAGTTTGGAATTTGTTTGTTCGAATCAAACCGGTTCAA tRNA28 28 7949 7878 Lys TTT 0 0 52.51 GAGAATATTGTTTAATGGTAAAACAGTTGCCTTTTAAGCATCCCATGTTTGGTTCGATTCCAACTATTCTTA tRNA29 29 7738 7666 Arg TCT 0 0 66.09 GCTCTCTTAGCTTAATGGTTAAAGCCTAATACTTCTAATATTAAGATTCTATGTTCGAGTCATAGAGAGAGTA tRNA30 30 7647 7576 Gly TCC 0 0 65.61 ATAGGTATAAGTTAATTGGTAAACTGAATGTCTTCCAAACATTGAATGCGAGTTCAAGTCTCGCTACCTATA tRNA31 31 7254 7183 Asp GTC 0 0 45.16 GGATCTGTAGCTTAATAGTAAAGTCCCATCTTGTCACGATGGTTGATGTCAGTGCAAGTCTGATTAGATTCG tRNA32 32 7177 7097 Ser GCT 0 0 36.55 GGAAAATTCACTATTGGTAAGGTAGATTATTTGCTACATAATTGAACTATGTTCTTATGAGTTCGACTCTCATATTTTCCG tRNA33 33 7063 6993 His GTG 0 0 54.56 GTGAATATATTTCAAAGGTAGAAAGAATGCTTGTGGCGCGTTAAATCTGAGTTCAATTCTCAGTATTCACC tRNA34 34 6840 6768 Met CAT 0 0 65.80 ACTTGTATAGTTTAATTGGTTAAAACATTCGTCTCATAAGCGAAGTATATAGGTTCAAGTCCCATTATAAGTA tRNA35 35 6035 5951 Tyr GTA 0 0 42.99 GGAGGGATCTCCAATGTTGGTAATTGGAGTTGAGCTGTAAACTCAATGACTGTGTTCTTCATAGGTTCGATTCCTATTCCCTTCA tRNA36 36 5942 5871 Asn GTT 0 0 71.30 GTTTTTATAGCTTAATGGTTAAAGCTTCTCACTGTTAATGAGATGATATAGGTTCAATTCCTATTAAAGACT tRNA37 37 5850 5778 Ala TGC 0 0 66.34 GGGGTTATAGTTAAATTTGGTAGAACGAATGCTTTGCATGCATTTAATATGAGTTCAAGTCTCATTAACTCCA tRNA38 38 5714 5642 Ile GAT 0 0 63.60 GAAACTATAATTCAATCGGTTAGAATAGTATTTTGATAAGGTACCAATATAGGTTCAATTCCTATTAGTTTCA tRNA39 39 5628 5543 Ser TGA 0 0 54.70 GGATGGTTGACTGAGTGGTTTAAGGTGTAATACTTGAGATATTATAAGTCTTTTAGGCTTCGTAGGTTCAAATCCTACATCATTCG tRNA40 40 4668 4450 Lys TTT 4636 4482 17.07 TTGTATATATTATAATAATAAATTTATTTTTATTATTATTTTATTTATATTATTTTATAAATTACATTATATATATTATATTTTTAGATGAATATTTATAATTATCCCCGCGACCATAGCATGGTTGCGGGGTCATTAATATATATTATTGTATATATTTTTTAATATATTTTATAATAATTATTATATAAAAATAGAATATATAATTATTTATATATA