Molecular Biology of Extremophiles

												
												

												
		MULtiple ALignment by BLAst :

												
		This tool will attempt to perform a pseudo-multiple alignment on two or more sequences using gapped-BLAST version 2 capabilities.

How it works:
Given a an input of 2 or more sequences in the upper field, one of them will be blasted against the others. If there is no guide sequence (entered in the lower field) the best alignment is selected as follows: each sequence to be aligned is blasted against all others, and sum of all scores determines the best alignment.

BLAST Advanced Options

Expect value (E)

1000.0 100.0 50.0 10.0 1.0 Default 1e-10 1e-50 1e-100 1e-200 (default : 1e-05 for blastn / 1.0 for blastp)

(Matrix) (Gap existence cost) (Per residue gap cost) (Lambda ratio)

PAM30            9           1           0.87 PAM70            10          1           0.87 BLOSUM80         10          1           0.87 BLOSUM62         -1          -1           0.85         default BLOSUM45         14          2           0.87 --------------------------------------------------------- PAM30             7          2           0.90 PAM30             6          2           0.86 PAM30             5          2           0.77 PAM30            10          1           0.91 PAM30             9          1           0.87         recommended PAM30             8          1           0.79 --------------------------------------------------------- PAM70             8          2           0.91 PAM70             7          2           0.86 PAM70             6          2           0.80 PAM70            11          1           0.92 PAM70            10          1           0.87         recommended PAM70             9          1           0.80 --------------------------------------------------------- BLOSUM80          8          2           0.90 BLOSUM80          7          2           0.86 BLOSUM80          6          2           0.79 BLOSUM80         11          1           0.92 BLOSUM80         10          1           0.87         recommended BLOSUM80          9          1           0.81 --------------------------------------------------------- BLOSUM62          9          2           0.90 BLOSUM62          8          2           0.83 BLOSUM62          7          2           0.77 BLOSUM62         12          1           0.88 BLOSUM62         11          1           0.85         recommended BLOSUM62         10          1           0.79 --------------------------------------------------------- BLOSUM45         13          3           0.91 BLOSUM45         12          3           0.89 BLOSUM45         11          3           0.84 BLOSUM45         10          3           0.79 BLOSUM45         15          2           0.90 BLOSUM45         14          2           0.87         recommended BLOSUM45         13          2           0.83 BLOSUM45         12          2           0.77 BLOSUM45         19          1           0.91 BLOSUM45         18          1           0.88 BLOSUM45         17          1           0.85 BLOSUM45         16          1           0.80 ---------------------------------------------------------

Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others)

True False

Reward for a nucleotide match (blastn only)

[Integer]

Threshold for extending hits

[Integer]

X dropoff value for gapped alignment (in bits)

[Integer]

Penalty for a nucleotide mismatch (blastn only)

[Integer]